化学史学会では、2001年度総会において「学会賞」の制度を創設し、2004年より4年ごとに学会賞を授与しています。学会賞には、次の3つがあります。
- 学術賞：我が国の化学史研究に多大の功績があったと認められる本学会会員の最優秀作品に対して
- 論文賞：本学会の『化学史研究』に掲載された論文、および諸論稿（特集などの論稿）のうちで編集委員会が認定した作品を対象として最も優秀な作品１編に対して
- 特別賞：本学会の活動や我が国の化学史研究の進展に対して多大の功績があったと認められる個人または団体に対して
参考：学会賞に関する内規
これまでに授与された学会賞は以下の通りです。
第２回学会賞（2008年）
学術賞
吉原賢二会員 “Discovery of a New Element ‘Nipponium’: Re-evaluation of Pioneering Works of Masataka Ogawa and His Son Eijiro Ogawa” Spectrochimica Acta (2004)およびその他の関連著作
論文賞
川島慶子会員「マリー・アンヌ・ラヴワジエ（1758-1836）-二つの革命を生きた女-」『化学史研究』第31巻(2004): 65-95
馬路泰蔵会員「白川郷における江戸時代の硝石生産に関する技術史研究1-3」『化学史研究』第32巻(2005): 75-84; 137-143; 第33巻(2006): 1-14
特別賞
芝哲夫名誉会員
第１回学会賞（2004年）
学術賞
古川安会員 Inventing Polymer Science: Staudinger, Carothers, and the Emergence of Macromolecular Chemistry (Philadelphia: University of Pennsylvania Press, 1998)
論文賞
菊池好行会員「『舎密便覧』の原著者ヘンドリク・クラーメル・ホメス——オランダにおける化学実験操作の図表化の社会的背景」『化学史研究』第27巻(2000): 129-155
特別賞
該当なし